Het St. Antonius Ziekenhuis valt onder de Samenwerkende topklinische Opleidingsziekenhuizen (STZ), is lid van Santeon en heeft 32 (RGS-)erkende opleidingen tot specialist of profielarts. Het ziekenhuis behoort daarmee tot de grootste niet academische opleidingsziekenhuizen van Nederland. Er wordt op 2 locaties opgeleid, namelijk in Nieuwegein en in Utrecht.
Het leerhuis, de St. Antonius Academie, streeft samen met de verschillende opleidingsgroepen naar een ambitieus en veilig opleidingsklimaat dat bijdraagt aan Samen zorgen voor kwaliteit van leven, de missie van ons ziekenhuis. Daarnaast faciliteert het leerhuis in een breed aanbod aan vakoverstijgend onderwijs zoals het Brevet Ouderenzorg, de Antonius Management Masterclass, de cursus samenwerken Eerste en Tweede lijn en persoonlijke coaching.