De Isala klinieken zijn het grootste perifere, topklinische opleidingsziekenhuis van Nederland. De maatschap Chirurgie bestaat uit 12 chirurgen, waarvan 5 GE chirurgen. Zij werken nauw samen met de 9 MDL-artsen. Het gehele pallet aan gastrointestinale chirurgie wordt bedreven m.u.v. de bariatrische chirurgie. Lever-, pancreas- , oesophaguschirurgie zijn speerpunten voor de maatschap. Laparoscopische colonchirurgie en andere advanced laparoscopische ingrepen behoren tot het wekelijkse operatietableau.
De opleiding is georganiseerd conform de richtlijnen van de NVvH en het opleidingsplan SCHERP. Daarnaast bestaat een lokaal opleidingsplan. In overleg met u wordt een persoonlijk opleidingsplan opgesteld met concrete afspraken over de te verrichten ingrepen, endoscopieën en theoretische verdieping. Opleider is dr. E.G.J.M. Pierik en waarnemend opleider dr. J. Oskam. U werkt onder supervisie van de 5 oncologische chirurgen, drs. A.D. van Dalsen, dr. D. van Geldere, dr. G.A. Patijn, dr. E.G.J.M. Pierik en dr. V.B. Nieuwenhuijs. De aandachtsgebieden van de maatschap Chirurgie zijn, naast Gastrointestinale en oncologische chirurgie, Traumatologie en Vaatchirurgie. Ook in deze aandachtsgebieden wordt aios een differentiatiestage geboden. De Isala klinieken hebben een volledige opleidingsbevoegdheid voor de opleiding Heelkunde. In 2010 is de opleiding gevisiteerd en is de erkenning zonder aanmerkingen met 5 jaar verlengd. In 2009 ontving de opleiding Heelkunde bij de Isala klinieken de Opleidingsprijs voor beste medische vervolgopleiding.